Chùa Côn Sơn có hai dịp lễ hội. Hội xuân từ ngày 16 tháng giêng tới hết ngày 22 tháng giêng âm lịch nhằm tưởng nhớ Đệ tam tổ Trúc Lâm Huyền Quang Tôn giả. Hội thu từ ngày 15 đến ngày 20 tháng 8 âm lịch tưởng niệm Nguyễn Trãi.[8]

Trước đây, nghi lễ chính của lễ hội mùa xuân Côn Sơn là rước lễ và tế lễ của dân làng hai thôn Chi Ngại và Chúc Thôn (Chúc Thôn tổ chức vào ngày 16, Chi Ngại tổ chức vào ngày 18 tháng Giêng).[37]

Hiện nay lễ hội chùa Côn Sơn được kết hợp với lễ hội đền Kiếp Bạc thành lễ hội Côn Sơn - Kiếp Bạc mùa xuân và mùa thu, thường được tổ chức từ ngày mùng 10 đến ngày 23 tháng giêng[38][39] và mùng 10 đến 20 tháng 8 Âm lịch.[40]

Lễ hội mùa xuân gồm: lễ rước nước; lễ Liên Hoa Hội Thượng phát đại nguyện của đức Phật; màn châm và truyền hoa đăng của phật tử; lễ rước bánh chưng, bánh dày tại chùa Côn Sơn, đền thờ Nguyễn Trãi, đền thờ Trần Nguyên Đán; lễ giỗ Đệ tam tổ Trúc Lâm Huyền Quang tôn giả; lễ đàn Mông Sơn thí thực; nghi lễ Nhiễu phật ở tòa Cửu phẩm liên hoa. Phần hội có: hội thi gói bánh chưng, giã bánh dày; Liên hoan Pháo đất tỉnh Hải Dương; giải Vật dân tộc, giải Cờ tướng.[38][41] Lễ hội mùa thu thường bao gồm: lễ Cúng Phật, Thánh, Hội đồng Trần Triều; Lễ giỗ Đức Thánh Trần; Lễ khai ấn và ban ấn đền Kiếp Bạc; Lễ rước bộ; Lễ tưởng niệm, Lễ tế tại đền Nguyễn Trãi, đền Trần Nguyên Đán; Lễ cầu an. Phần Hội có: Liên hoan diễn xướng hầu Thánh, đua thuyền truyền thống, trình diễn nghệ thuật múa rối nước, hội quân trên sông Lục Đầu, hội hoa đăng… và các hoạt động văn hóa, thể thao khác.[42] Các lễ hội Côn Sơn - Kiếp Bạc thường thu hút đến hàng chục vạn lượt khách du lịch mỗi năm.[41][43]